1、太平洋地区合作委员会日常工作由秘书处负责处理。
2、在理事长、副理事长的领导下，由秘书长主持日常工作，副秘书长协助秘书长工作。
3、太平洋地区合作委员会秘书处设置以下办事机构：

（1）办公室：负责处理日常事务工作；
（2）学术研究部：负责学术研究和组织工作；
（3）对外联络部：负责外联和学术交流工作；
（4）文化事业部：负责有关文化事业工作；
（5）经济发展部：负责经济合作和拓展工作；
（6）中国太平洋地区论坛；
（7）东亚地区安全合作论坛。